Modellierung und Simulation - Abteilungsübergreifende Arbeitsgruppe

Molekulardynamik-Rechnung der Aggregation von Peptiden in der Nähe von Gold-Nanopartikeln.

In der Chemischen Abteilung des IOM werden ebenfalls quantenchemische Rechnungen und Molekulardynamik-Rechnungen durchgeführt. Dabei werden Elementarreaktionen komplexer Reaktionsschritte meist mit möglichst genauen quantenchemischen Methoden berechnet (Energetik, Stabilitäten, Übergangszustände). In großen supramolekularen Systemen mit sehr vielen Teilchen/ Atomen (beispielsweise Amyloid-Systeme) kommen dagegen häufig (klassische) molekulardynamische Rechnungen zum Einsatz (Gromacs).

Ausgewählte Publikationen

  • H. J. Risselada, G. Bubnis, H. Grubmüller, Expansion of the fusion stalk and its implication for biological membrane fusion, Proc. Natl. Aca. Sci. USA 111 (2014) 11043-11048.

  • D. Milovanovic, A. Honigmann, S. Koike, F. Göttfert, G. Pähler, M. Junius, S. Müllar, U. Diederichsen, A. Janshoff, H. Grubmüller, H. J. Risselada, C. Eggeling, S. W. Hell, G. v. d. Bogaart, and R. Jahn, Hydrophobic mismatch sorts SNARE proteins into distinct membrane domains, Nature Comm. 6 (2015) 5984.

  • H. J. Risselada, Y. Smirnova, H. Grubmüller, Free energy landscape of RIM-pore expansion in membrane fusion, 2014, Biophys. J., 107, 2287-2295.

  • A. Kahnt, K. Peuntinger, C. Dammann, T. Drewello, R. Hermann, S. Naumov, B. Abel, D. M. Guldil, Kinetic studies of the primary reduction of [Co(dmgH)2(py)(Cl)] revisited: Mechanisms, Products, and Implications, J. Phys. Chem. A (2014), dx.doi.org/10.1021/jp501947y.

  • S. Naumov, W. Knolle, J. Becher, M. Schnabelrauch, S. Reichelt, Electron-beam generated porous dextran gels: Experimental and quantum chemical studies, International Journal of Radiation Biology 90 (2014) 503-511.
  • F. Wiederschein, E. Vöhringer-Martinez, A. Beinsen, F. Postberg, J. Schmidt, R. Srama, F. Stolz, H. Grubmüller, and B. Abel, Charge Separation and Isolation in Strong Water Droplet Impacts,
    Phys.Chem.Chem.Phys., 17 (2015) 6858.